Les sociétés UIRR ont mis en place une organisation spécifiquement adaptée au TC Rail-Route autour de trains directs (point à point) et de trains organisés en réseau (avec mise en place d’un point nodal).

Trains directs, également appelés « trains complets » ou « trains d’axe »

Ces trains directs relient directement deux chantiers de transbordement lorsque les volumes le justifient, en général en « saut de nuit ». Ces trains rapides roulent à 100 ou 120 km/h voire dans certains cas 140 ou 160 km/h. Ce sont des trains dont les unités de chargement ont toutes la même gare de destination. Ils sont surtout programmés par évidence sur les relations à densité forte et régulière de trafic, c-à-d. entre les zones à grande concentration urbaine ou industrielle. Ainsi par exemple, sur les relations les plus fréquentées, en particulier autour des fortes concentrations urbaines, les trains directs sont souvent utilisés.

Les opérateurs et les Entreprises Ferroviaires les considèrent comme le type de production le plus avantageux. Il permet en effet d'éviter les manœuvres des wagons dans les gares de triage, ce qui constitue un gain en temps et en argent. Ils sont particulièrement fiables. On peut rajouter ou retirer des wagons dans le terminal en fonction des capacités requises.

Les trains Shuttle (ou trains navettes) sont une variante particulière des trains directs en ce qu’ils ont une composition fixe de wagons. Ce concept a été en premier lieu développé par la société suisse Hupac dans les années 90 et aujourd'hui, de nombreux autres opérateurs de TC font appel à cette formule et l'appliquent sur différents axes en Europe. Ce système permet un acheminement ferroviaire rapide puisque dans les chantiers de transbordement aucune (re-) composition n’est effectuée.

Les trains organisés en réseaux

Il s'agit de trains constitués d'envois pour plus d’une destination, et qui sont réassortis dans des points nodaux qui sont de véritables plates-formes de correspondance, mises en place à des endroits stratégiques de concentration des flux. Ils sont aménagés pour faciliter le regroupement de trains en provenance de différents chantiers et leur recomposition vers les chantiers de destination. De ces points nodaux partent des réseaux en étoile qui desservent différentes destinations.

Il en existe trois formes:

• le réseau en ‘hub-and-spoke’
  Les groupes de wagons sont échangés entre deux ou plusieurs trains aux points nodaux pour former de nouveaux trains à destination unique
• le réseau dit en ‘gateway’
  C’est une forme spéciale du système ‘hub-and-spoke’. Dans ce concept, ce sont les  unités de chargement arrivant à un chantier de transbordement qui changent de train par une opération de transbordement de wagon à wagon, avant de poursuivre leur trajet dans une nouvelle composition du train.
• le réseau de trains navettes

Le trafic de wagons isolés

L’acheminement de wagons isolés et leurs échanges entre des trains dans des gares de triage est de moins en moins important en Transport Combiné car il prend trop de temps. Il nécessite également l’utilisation de wagons spéciaux afin d’éviter les chocs lors des triages, qui pourraient causer des dommages aux chargements.